En relation avec les fonctions morphofonctionnelles, l’épiphyse est considérée comme un organe neuroendocrinien. Avec le complexe hypothalamo-hypophysaire, il participe à la régulation des fonctions endocriniennes (ainsi que d’autres fonctions viscérales) du corps, en particulier de celles qui manifestent le rythme (périodicité).
L’épiphyse affecte ces rythmes physiologiques, car la sécrétion de ses hormones change en raison du changement de jour et de nuit. Étant donné que l’épiphyse dépend de la lumière ou de l’obscurité, elle est évidemment capable de percevoir les stimuli lumineux. La lumière est l’un des principaux régulateurs des fonctions vitales du corps et, à travers le système épiphysaire-hypothalamo-hypophysaire, détermine les biorythmes de la fonction de reproduction.
L’épiphyse, qui reçoit des informations sur le degré d’intensité du rayonnement lumineux à travers les organes de vision, joue apparemment dans le corps le rôle d ‘”horloge biologique”. On sait qu’au cours du premier trimestre de la grossesse, chez toutes les femmes, le seuil du stimulus lumineux est augmenté par rapport à celui des femmes non enceintes. L’épiphyse a une teneur relativement élevée en sérotonine, qui se transforme en mélatonine. Cette transformation est renforcée dans les conditions de désactivation des stimuli lumineux (aveuglant ou restant dans le noir), lorsque l’enzyme qui stimule la formation de mélatonine est activée. Il a été établi que la mélatonine, neurohormone de l’épiphyse, est une indoléamine, largement répandue dans la nature, même chez les individus unicellulaires.
Le comportement sexuel dépend de l’activité du cerveau et de la glande pinéale. La libération d’hormones sexuelles est contrôlée par l’épiphyse et la mélatonine. La mélatonine stimule la glande pituitaire pour qu’elle libère des hormones sexuelles régulant l’activité sexuelle. Dans le même temps, les concentrations physiologiques de tous les stéroïdes n’affectent pas de manière significative la production de mélatonine par l’épiphyse. Il est connu que la glande pinéale est un capteur de temps interne qui contrôle le processus de vieillissement. L’épiphyse libère de la mélatonine, qui transmet des informations à d’autres systèmes. On note la dépendance du vieillissement aux informations émanant de la glande pinéale. Les fluctuations cycliques de la sécrétion d’hormones entraînent des modifications correspondantes de l’ovaire (cycle ovarien).